Como han dicho algunas de las otras respuestas, los Jedi no estaban realmente en su apogeo durante las Guerras Clon. Estaban en declive en comparación con sus días de la Antigua República.
Algo como esto ^ es lo que probablemente podrías esperar de los Jedi en su apogeo, donde probablemente habría más que suficiente en el templo para defenderse de una legión de usuarios que no son de la Fuerza, así como para estar al mando de campos de batalla en toda la galaxia simultáneamente. En lugar de Padawans y Younglings en su mayoría en el Templo, con la mayoría de los Caballeros y Maestros fuera del planeta.
Otra razón es que los sensibles a la Fuerza son raros y difíciles de encontrar, especialmente en una galaxia que no está completamente mapeada (30 años después del Regreso del Jedi, las Regiones Desconocidas siguen siendo las “Regiones Desconocidas”). Los lugares como Tatooine, donde la República no tiene jurisdicción, tampoco estarán tan bien preparados para nuevos potenciales como lugares como Naboo y Alderaan. Es por eso que el Jedi no habría encontrado al joven Anakin si la nave de Qui-Gon no hubiera sido dañada.
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E incluso entonces, viendo cómo el Consejo Jedi rechazó a Anakin, de 9 años, porque “es demasiado viejo”, la ventana de oportunidad permitida por el antiguo Código Jedi para entrenar a un nuevo Jedi es realmente pequeña; si no lo encuentran (o una especie alienígena de género único que no cumpla con las convenciones binarias estándar) en el momento en que hayan alcanzado ese umbral, ese individuo probablemente no se convertirá en Jedi.
Además, algunos de esos planetas no son del todo acogedores con personas que ejercen poderes tan extraños; similar a los mutantes en Marvel, estaría dispuesto a decir que las personas sensibles a la Fuerza serían perseguidas o incluso asesinadas por su despliegue de habilidades sobrenaturales en algunos casos.
¿Mencioné que también son raros? ¿Como “solo si la Fuerza lo quiere” algo raro? Es una gran galaxia, y a los Jedi no se les permite tener descendencia como los ciudadanos convencionales (algo sobre evitar que las dinastías de familias con poder de la Fuerza manejen la galaxia), por lo que un ser sensible a la Fuerza que nazca de dos personas normales no va a suceder muy a menudo, y eso si los midiclorianos realmente hacen algo para promover la sensibilidad a la Fuerza. Si no, no puedes hacer una buena predicción sobre las tasas de natalidad sensibles a la Fuerza.
Finalmente, está la Purga Jedi que tiene lugar cada pocas generaciones que restablece el número a un solo dígito.
En una galaxia tan a menudo envuelta por la guerra por una gran cantidad de razones, no debería sorprender que las fuerzas de paz estén a menudo en el puesto número 1 en la lista de odio de todos, y alguien siempre parece encontrar una manera de reducirlos a casi la extinción justo cuando menos lo esperan.
Al menos siempre se recuperan (aunque esta vez no sé qué tan bien).