Madara no tendría absolutamente ninguna posibilidad.
La mejor esperanza de Madara, como otros han mencionado, sería atrapar a Goku en un genjutsu. Para que esto suceda, necesitaría hacer contacto visual con Goku. Ahí está el problema.
Goku no necesita ver a Madara para luchar contra él de manera efectiva.
Entre las muchas cosas que Goku aprendió mientras entrenaba con el Sr.Popo estaba la capacidad de sentir ki, un sexto sentido que era tan sensible (o más) que los cinco sentidos normales.
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Goku literalmente entrenó con los ojos vendados, y eso fue en una etapa relativamente temprana de su desarrollo como artista marcial. Literalmente podría luchar contra Madara con los ojos cerrados y no estar en desventaja.
La siguiente mejor apuesta de Madara sería encender fuego a Goku con Amaterasu.
Esto dependería de que Madara viera a Goku. Si bien los shinobi de Naruto son ciertamente superhumanos, ninguno de ellos logra algo parecido a la velocidad y la fuerza de los personajes de Dragonball Z. Goku probablemente sería demasiado rápido para que Madara use una técnica así. Incluso si Madara capturara con éxito a Goku en una técnica rinnegan o algo así, Goku tenía la capacidad de teletransportarse. Sería como luchar contra Minato, excepto miles de veces más fuerte y con la capacidad de volar.
Prácticamente no hay otro movimiento que Madara conozca (al menos ninguno que yo sepa) que no pueda superarse con simple fuerza bruta, ignorando la otra experiencia y sentido de batalla de Goku. Los personajes de Dragonball Z son fantasías de puro poder. Es poco probable que algún personaje en cualquier otro mito, sin dioses o fanfictions de Superman, pueda igualar a Goku.