Naruto era un tonto mientras estaba en la academia, y no tenía a ningún Jutsus bajo la manga. A diferencia de otros personajes que reciben su clan hiden jutsu de sus padres, Naruto no tenía a nadie que lo guiara. Después de formar equipo bajo la guía de Kakashi Hatake , aprendió poco sobre el Control de Chakra, pero como Jiraiya estaba al tanto de que Akatsuki cazaba a la Bestia de Cola, decidió entrenar personalmente a Naruto.
Nota: el padre de Naruto, Minato, también fue entrenado bajo Jiraiya.
Bajo la tutela de Jiraiya, Naruto desarrolló su firma jutsu Rasengan y también entrenó para aumentar el tamaño para hacer Ōdhama Rasengan (literalmente significa: esfera espiral gigante)
Le enseñó el Kuchiyose no Jutsu (técnica de invocación ) para convocar a los sapos del Monte Myobōku.
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También aprendió a concentrar Chakra en un solo punto y a perturbar Chakra para ser liberado de Genjutsu.
Jiraiya incluso intentó enseñarle a Naruto a controlar el Chakra de Kyūbi (Nueve colas) pero no tuvo éxito en el intento.