Si me equivoco, doy la bienvenida a cualquiera para que me corrija, pero no creo que alguna vez se haya dicho una razón para que Madara lo supiera. Dicho esto, se pueden inferir muchas razones. En primer lugar, la base no parecía estar tan lejos como la explosión que destruyó HQ se vio desde el campo de batalla. Basado en eso, probablemente no hubiera sido muy difícil para un súper espía como Zetsu localizarlo. Además, dado que Zetsu pudo encontrar la ubicación súper secreta donde estaban retenidos los Daimyos, probablemente habría sido un asunto simple para Akatsuki encontrar el cuartel general incluso si hubiera estado oculto. Además, Madara tenía acceso al chakra de la salvia (naturaleza) para poder sentir el chakra de la gente. Lo que significa que podría simplemente haber percibido la presencia de HQ. Otra razón podría ser que la bestia de cola todopoderosa con la que estaba conectado también podría haber sentido dónde estaba la base.
EDITAR: se corrigieron muchos errores ortográficos y de puntuación.
