La razón principal detrás de esto es que cada ojo de Mangekyō Sharingan posee diferentes habilidades.
Mirando el Mangekyō Sharingan de Obito , ambos ojos tienen acceso a Kamui , capaz de teletransportarse objetivos desde y hacia la Dimensión de Kamui, aunque de diferentes maneras. El ojo derecho puede usar Kamui de corto alcance , teletransportando al usuario o aquellos con quienes están en contacto. Al teletransportarse solo partes de su cuerpo allí, en efecto, pueden pasar sin problemas a través de otra materia. El ojo izquierdo puede usar Kamui de largo alcance , creando una barrera alrededor de un objetivo que los teletransporta. Por lo tanto, con el ojo izquierdo que poseía, Kakashi solo podía acceder al Kamui de largo alcance. Pero se muestra, Kakashi deslizándose a través del ataque de hueso Ash de Kaguya después de poseer ambos ojos de Obito por un corto tiempo.
Similar a este caso, cada uno de los usuarios de Mangekyō Sharingan posee diferentes habilidades en cada ojo.
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Con su Mangekyō izquierdo , Itachi Uchiha puede usar Tsukuyomi , un genjutsu extremadamente poderoso que distorsiona la percepción del tiempo de la víctima. Con su Mangekyō derecho , puede usar Amaterasu , creando llamas negras inextinguibles en el punto focal del usuario.
Con su izquierda Mangekyō , Sasuke Uchiha puede lanzar Amaterasu . Con su Mangekyō derecho puede moldear las llamas o extinguirlas. Esto se llama Flame Control o Blaze Release: Kagutsuchi .
Fuente: Narutopedia