Esta es una pregunta extremadamente subjetiva, y se vuelve aún más difícil de responder cuando se considera cómo diferentes escritores han retratado a los villanos más icónicos a lo largo de los años. Agregue a eso el hecho de que varios escritores han escrito para ambas compañías (Frank Miller, por ejemplo, ha tenido carreras icónicas tanto en Batman como en Daredevil) y rápidamente queda claro que es un ejercicio inútil.
Dicho esto, ambas compañías tienen villanos icónicos, y los mejores villanos generalmente son aquellos que desafían al héroe mucho más allá de las inevitables batallas físicas, lo que puede explicar por qué varios de los mejores villanos de superhéroes no tienen superpoderes (el Joker, Lex Luthor, Red Skull and the Kingpin, por ejemplo).
Dado que Superman y Batman son posiblemente los superhéroes más populares, es lógico asumir que sus villanos serán igual de populares, y en gran medida ha demostrado ser el caso. En la misma línea, los héroes de Marvel más prominentes tienen villanos más prominentes, y los villanos que han sido traducidos a los universos cinematográficos respectivos son más reconocibles que otros villanos que serían, en las estimaciones de algunas personas, mejores.
Lo que trae a colación otro punto al que se ha aludido brevemente. Los villanos son retratados de manera muy diferente por diferentes autores, y esto es especialmente cierto en las películas y en la televisión. Jim Carrey es exagerado, Riddler, que roba inteligencia, de Batman Forever es un personaje muy diferente a la brillante pero socialmente incómoda versión de Cory Michael Smith del mismo personaje, por ejemplo.
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Sin embargo, creo que hay ciertas pequeñas diferencias. Dado que muchos superhéroes de Marvel son más agradables y humanos que sus contrapartes de DC, sus villanos tienden a ser un poco más comprensivos, a menudo más moralmente ambiguos que rotundamente malos. Por ejemplo, el Joker y Loki son caóticos, a menudo elaborando planes elaborados para destruir a Batman y Thor respectivamente; pero mientras el Joker solo quiere ver a Batman y al mundo estrellarse y quemarse, Loki tiene un rencor real contra Thor (aunque esté equivocado) con el mundo como daño colateral.
Prefiero matices, no exactamente malvados villanos, así que voy a ir con Marvel. Sin embargo, puedes encontrar todo tipo de villanos en ambos multiversos de cómics si te tomas el tiempo para descubrirlos.