Varias razones, y cualquier instancia tendrá algunos, ninguno o todos estos.
Primero, pura estética. ¿El barco se ve bien de esta manera? Si no hay necesidad de preocuparse por los factores que menciona, entonces la apariencia de un barco se vuelve más importante, no menos.
Segundo, SF realmente hace dos cosas; especular sobre el futuro y volver a contar el pasado. Muchas historias de SF realmente están volviendo a contar cosas como la Segunda Guerra Mundial, y muchas visiones de naves espaciales de pelea de perros de SF realmente están contando las batallas aéreas de la Segunda Guerra Mundial o las batallas navales. Muchas veces, la física realmente no funciona en absoluto como batallas espaciales, pero puedes ver de dónde sacaron las ideas.
Tercero, muchos barcos SF están diseñados para poder aterrizar en planetas y maniobrar en la atmósfera. No puedes hacer eso si tu nave tiene la forma del LEM.
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Cuarto, aunque parece que el peso no importaría, la masa sí lo hace, y la masa bajo aceleración produce peso. Entonces, si su nave pesa 10 toneladas y acelera a la mitad de la fuerza de gravedad, pesa 5 toneladas. Si acelera al doble de la fuerza de gravedad, pesa 20 toneladas. El peso importa (realmente, la masa importa, por eso el sistema métrico usa masa en lugar de peso)
El tamaño, bueno, te dirán que el tamaño no importa. Pero honestamente, si puedes contar una historia sobre un pequeño Ala X del tamaño de una camioneta Volvo que saca una Estrella de la Muerte del tamaño de la LUNA, ¿estás absolutamente seguro de que el tamaño no tiene en cuenta eso? X wing vs Tie Fighter es una historia completamente diferente.