Muy buena pregunta.
La verdad es que ninguno de los dos puede vencerse a la larga, porque representan no a dos personas, sino a dos ideologías diferentes de una sociedad.
La ideología de Joker es la del Caos (o lo que la ciencia llama – entropía). Joker es una mente genio que profesa un pensamiento que es contrario al del mundo aceptado. Y él es puro y sin corrupción en su pensamiento. Puede hacer cosas siniestras, puede usar su genio para la destrucción, pero hace todo esto por una sociedad mejor que celebra la individualidad de cada individuo.
Batman, al final del espectro, profesa orden y estar dentro de las limitaciones de las normas aceptables. No importa el crimen, Batman nunca cruza su regla de matar al criminal. ¿Por qué no mata? ¿Por qué tal regla? El no tiene respuesta. Su única explicación es que debería haber algunas reglas, que la filosofía del Joker cuestiona fundamentalmente.
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Siempre existen dos filosofías contrarias, en todos los mundos y a través del tiempo. Por lo tanto, la encarnación del cómic de estas filosofías no es asesinada ni derrotada por los creadores de DC.