En el juego, existen dos universos, uno principal para la trama y otro original.
En el universo del juego, Superman se enfurece cuando Joker lo engaña para que mate al propio Lois y luego destruye Metrópolis. Superman establece un gobierno mundial, consigo mismo como el Consejero Cheif. Se produce una guerra entre las fuerzas del régimen de Superman y la insurgencia de Batman.
Después de cinco años de guerra, la insurgencia de Batman descubre otro universo (el original) y teletransporta a Wonder Woman, Aquaman, Green Arrow y Green Lantern para ayudarlos a derrotar a Superman. Este fue el comienzo de la trama. Básicamente en el juego, hay una gran cantidad de cambios de universo y cosas así.
En el cómic, después de que Joker mata a Lois y luego vuela a Metrópolis al infierno, Superman realmente lo mata y luego anuncia un alto el fuego de todas las guerras / combates en todo el mundo. He leído hasta cuatro años de los cómics y al menos hasta ahora, no ha habido un universo alternativo. Batman crea su equipo a partir de su universo para luchar contra Superman, a diferencia del juego.
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