Estos son cambios que difieren del material de origen, generalmente hechos para acomodar arcos de relleno o material en expansión.
- En el anime, Sasuke, Sakura y sus compañeros de clase del Equipo 8 y 10 se presentan al comienzo de la historia. En el manga, Sasuke y Sakura aparecieron por primera vez en el tercer capítulo, 107 los otros seis fueron presentados al comienzo del Examen Chūnin Arc108
- En el manga, Naruto se cuela en la Residencia Hokage para robar el pergamino y es atrapado por hiruzen, pero escapa mediante una técnica sexy. En el anime, Hiruzen simplemente envía al ninja después de Naruto, y se expone a la Técnica Sexy cuando se niega a aceptar la foto de registro de ninja de Naruto.
- En el manga, después de que se forma el Equipo 7, se ve a Sasuke comiendo afuera de una ventana con Naruto dentro preparando un anime en construcción, Sasuke se ve comiendo dentro de la ventana y Naruto ataca desde afuera.
- En el manga, antes de luchar contra Zabuza por primera vez, Naruto arroja dos shuriken a los arbustos, uno de ellos casi golpea a un conejo blanco como la nieve. En el anime, esto era dos kunai en su lugar.
- En el manga, cuando Kakashi le dice a Zabuza que su futuro es la muerte, solo tiene el ojo Sharingan abierto. En el anime, sus dos ojos están abiertos.
- En el manga, el chidori rodea la mano del usuario con un rayo.119 En el anime, crea un rayo en la palma de la mano del usuario.
- Cuando Shikamaru, Ino y Chōji aparecen después de que Neji los ha visto, Shikamaru está a la izquierda y Chōji a la derecha de Ino, pero después de que Neji comienza a alejarse, cambian de lugar.
- En el manga, la pelea de Tenten y Temari nunca se mostró, debido a la conversación de Sakura e Ino durante su pelea. Sin embargo, en el anime, se mostró la coincidencia de Tenten y Temari debido a la conversación de Sakura e Ino antes de la coincidencia de Tenten y Temari.
- En el manga, después de que un kabuto disfrazado termina de curar a Hinata, deja inconsciente a Kiba Inuzuka y a su perro Akamaru durante la pelea de Naruto y Neji. En el anime, los noquea durante la pelea de Sasuke con Gaara, justo cuando Akamaru reconoce el aroma de Kabuto. Sin embargo, cuando esta escena se muestra nuevamente en flashback en Naruto: Shippūden , se representa como en el manga.
- En el manga, Sasuke y Kakashi llegan a la final poco después de que el combate de Shikamaru haya terminado. En el anime, el Tercer Hokage permite que llegue otra extensión para que Sasuke llegue y él y Kakashi llegan justo cuando Genma está a punto de cancelar el combate después de que el tiempo de espera haya expirado.