¿Qué le pasó a Inglaterra en Code Geass?

Básicamente Napoleón.

En caso de que no lo sepas, Britannia es el futuro alternativo del imperio británico en el que fracasa la Revolución Americana. Como la revolución fracasa, otras naciones coloniales no revolucionan ni se independizan. Esto lleva a Inglaterra a hacerse cargo e integrar TODO el nuevo mundo en el Imperio Británico.

“Pero las islas británicas son parte de la UE en los mapas del programa”, dices.

Sí, pero eso se debe a que durante las Guerras Napoleónicas, Francia gana contra Britannia en la Batalla de Trafalgar y luego forma la UE que, después de un tiempo, ocupa las Islas Británicas. Los nobles británicos se trasladan a América del Norte (estilo portugués) y establecen una nueva capital en Pendragon (justo al sur de nuestra California).

Lo siento, esto fue más una historia de Britannia y no de Inglaterra

Creo que Britannia se mudó a Estados Unidos como se había convertido en suya cuando le dieron a uno de los padres fundadores (creo Franklin) la nobleza de venir a su lado y la Independencia Americana nunca sucedió.
Lo volví a ver recientemente y no creo que esté claro, pero creo que Inglaterra se convirtió en parte de la UE ya que Britannia ya no lo usaba como su hogar.