El recientemente nombrado Hokage, Minato se casó con Kushina, el Jinchuriki de los Nueve Colas. Cuando Kushina quedó embarazada y se acercaba el nacimiento de su hijo, se tuvieron que tomar precauciones especiales debido al hecho de que el sello de nueve colas que mantenía las Nueve Colas dentro de ella se debilitaría durante el parto, lo que conllevaría el riesgo de que pudiera escapar. Debido a esto, su embarazo se mantuvo en secreto, pero Tobi (que luego se consideró Madara Uchiha, más tarde conocida como Tobi Uchiha) escuchó esto del discípulo de Minato cuando estaba hablando con Rin.
La entrega de Naruto tuvo lugar en una cueva fuera de la aldea bajo la protección de ANBU y el propio Minato lo estaba protegiendo con una barrera para evitar la rotura del sello. Mientras tanto, Tobi encontró el lugar y, tan pronto como nació Naruto, mató a los miembros de ANBU y tomó a Naruto como rehén, amenazando con matarlo si Minato intentaba restaurar el sello de los Nueve Colas. Minato pudo recuperar a Naruto, solo para descubrir etiquetas explosivas plantadas en él. Minato se vio obligado a teletransportarse para mantener a Naruto a salvo, dejando a Kushina con Tobi.
Tobi movió a Kushina a una nueva ubicación y la colocó bajo control mientras él tomaba medidas para debilitar aún más el sello. Cuando el sello estaba a punto de romperse, usó su sharigan para entrar al subconsciente de Kushina y colocar las Nueve Colas bajo su control.
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Se extrajeron las Nueve Colas, un proceso que Kushina sobrevivió debido a su herencia Uzumaki. Tobi intentó que los Nueve Colas la mataran, pero Minato los rastreó a tiempo para salvarla y escapar a una casa segura donde dejó a Naruto. Sin preocuparse por ellos, Tobi condujo a los Nueve Colas de regreso a la aldea e inmediatamente atacó la aldea.