Se prohibió Kagebunshin no Jutsu, o Shadow Doppleganger Technique (shadow clone jutsu en el doblaje en inglés) porque divide tu chakra en partes iguales entre todos los clones, y no puedes recuperar ese chakra. Como dijo Kakashi, incluso Jonin tiene problemas para mantener más de 4 o menos. Naruto pudo crear cientos sin cansarse porque estaba aprovechando el chakra del Kyuubi, el Zorro de Nueve Colas, dejando sus propias reservas de chakra con todo su poder. Sin embargo, esta técnica no está prohibida en el sentido de que nadie puede usarla. Está prohibido que no se les permita enseñarlo a los estudiantes de la academia shinobi. La mayoría de Jonin e incluso algunos Chunin conocen el jutsu, muchos simplemente no lo usan por las razones mencionadas anteriormente.
En cuanto a la parte del “cómo” de la pregunta, en realidad es bastante simple. El tercer Hokage (creo que fue el tercero pero puede haber sido el primero o el segundo, no estoy 100% seguro en este momento) lo colocó en la lista de jutsu prohibido y prohibió que los maestros de la academia shinobi lo enseñaran.
PD: cualquier jutsu que cause la muerte del usuario se considera un jutsu prohibido. Es por eso que el sello de muerte del segador está prohibido, pero otros jutsu de sellado no lo están. Los dopplegangers de sombra causan la muerte al agotar rápidamente el chakra del usuario.