Durante la parte donde Naruto entrena con el Asesino B para controlar el poder de las nueve colas en la isla tortuga gigante, Kabuto junto con un Deidara reanimado ataca la isla y en la batalla Yamato es capturado por él.
- Yamato capturado por Kabuto.
Kabuto usa las células del primer Hokage Hashirama Senju dentro de Yamato para fortalecer el Zetsus blanco y también extrae información sobre la alianza shinobi.
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- Yamato solía fortalecer el Zetsus blanco.
Durante la última fase de la cuarta gran guerra ninja, un zetsu blanco cubre a Yamato para perfeccionar el estilo de madera, porque ni Yamato ni zetsu pueden usarlo en el primer nivel de Hokage, y ataca a la alianza shinobi. Más tarde, cuando el Infinito Tsukuyomi comienza, el zetsu blanco deja a Yamato, quien trata de recordar lo que sucedió, pero pronto queda atrapado en el Infinito Tsukuyomi.
- Yamato atrapado en el infinito Tsukuyomi.