¿Fueron Minato, Shisui e Itachi tres de los mayores prodigios de la Hoja Oculta, dado que tuvieron que matarlos con el propósito de la historia?

No lo son

Si me preguntas, la respuesta sería Hashirama, Madara y Tobirama,

Jiraiya, Orochimaru y Hiruzen.

Minato, Kakashi y Gai.

Pero aparte de eso, cada uno de estos personajes se distingue por su desinterés y su fuerza de voluntad. Valoran a sus camaradas, familia y pueblo más que a sus propias vidas, y esto es lo que los convirtió en verdaderos héroes.

Minato salvó a todo el pueblo de Kurama.

Shisui salvó (posiblemente) varias aldeas o el mundo entero del conflicto, ya que los planes de Danzo después de convertirse en Hokage probablemente serían desatar la muerte en otras aldeas.

İtachi salvó, dependiendo del resultado Konoha, todos los pueblos o el mundo entero. Su traición hacia el Uchiha salvó a Konoha de la lucha interna y la ruina, y sacrificando toda su vida, ojos y ser (y también planeando toda su vida) por Sasuke lo convirtió en quien era.

Tu pregunta no tiene mucho sentido, pero sí, fueron prodigios muy poderosos que murieron antes de tiempo.