Esto es realmente subjetivo y recomiendo probar muchos primero. Considere también si está dispuesto a gastar dinero o solo usa programas gratuitos.
Si toma un curso de animación y arte en 2D, es probable que utilice o, al menos, aprenda los conceptos básicos de la poderosa suite Adobe Creative Cloud. Esta es una colección de programas de arte que le brindan poderosas herramientas de producción para hacer sprites, animaciones y mucho más. Esta es una inversión masiva de tiempo para aprender, pero probablemente el mejor uso de su tiempo a largo plazo.
Utilizo Spriter para elaborar conceptos antes de llevarlos a mis directores de arte o equipo de producción. Felizmente he usado Aseprite, Gimp / GimpShop, Paint y otros. Creo que la mayoría de la gente le aconsejará que juegue con Spriter o Aseprite para pequeños proyectos, pero si tiene la intención de una carrera en arte digital, debería considerar la suite Adobe Creative.
Espero que esto ayude. Si tiene requisitos más específicos para compartir, probablemente pueda hacer una recomendación más precisa. Buena suerte