Hay mucha confusión en torno a esta pregunta e intentaré aclararlo todo. Ninguna de las respuestas aquí menciona por qué Shisui realmente murió.
Vamos a empezar.
Muchos de ustedes se estarán preguntando por qué Shisui sintió la necesidad de suicidarse. Te diré por qué: porque fue envenenado.
Si, eso es correcto.
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Esto fue escrito en la novela ligera Itachi Shinden: Libro del amanecer. No apareció en el anime.
Cuando Itachi era un niño y recién se graduó de la academia, uno de los Anbu de la raíz (Fundación) de Danzo, llamado Yōji Aburame, fue asignado a su genin al equipo para monitorear y observar a Itachi.
Unos meses más tarde, Itachi se mudó al Anbu, siendo colocado bajo el equipo de Kakashi. Aquí también, Yōji lo siguió y asumió el nombre de “Sugaru”. Sugaru era un usuario de insectos; sus insectos usaron un veneno que mataría a una persona y se descompondría después de la muerte de la persona, permaneciendo imposible de rastrear.
Mientras Sugaru trabajaba en el Anbu, descubrió los planes de Itachi y Shisui de usar Kotamatsukami para detener el golpe. Sugaru informó esto a Danzo. Después de esto, Danzo y Sugaru atacaron a Shisui. Sugaru usó sus insectos para infectar el cuerpo de Shisui con veneno, debilitándolo. Entonces, Danzo tomó uno de sus ojos, pero antes de que pudiera quitarle el otro, Shisui logró escapar.
Más tarde, Shisui conoció a Itachi y le contó todo. Shisui dijo que se suicidará, y le dio el ojo restante a Itachi. Shisui explicó que, dado que el veneno lo matará de todos modos, no tenía muchas opciones.
Después de la masacre de Uchiha, Sugaru siguió a Itachi fuera de la aldea. Sugaru comentó que Itachi no podía hacerle nada. Rápidamente se demostró que estaba equivocado, ya que Itachi usó a Tsukuyomi en los insectos y lo quemó hasta que solo quedaron sus cenizas, vengando a Shisui.