¿Alguna vez hubo alguna pista de que Magneto era judío antes de que se revelaran sus orígenes en los cómics de Marvel?

Depende de lo que quieras decir con sus orígenes. ¿Te refieres a la revelación de que él fue un sobreviviente del Holocausto, la revelación de que utilizó una identidad falsa o la revelación de su pasado temprano?

Antes de que Chris Claremont estableciera que Magneto era un sobreviviente del Holocausto, no, en realidad no había indicios de que Magneto fuera judío.

Una vez que Claremont desarrolló el origen de Magneto con la historia de fondo del Holocausto, nunca dijo específicamente que Magneto fuera judío. Pero sí escribió escenas donde Magneto interactuó con otros sobrevivientes del Holocausto judío y Magneto también se arrepintió especialmente de la idea de que pudo haber matado a Kitty Pryde y de cómo se había convertido en lo que más odiaba (otro personaje judío, por lo que ambos son judíos agrega aún más a esa escena).

Luego, a principios de los 90, Marvel se asustó por la idea de que uno de sus principales villanos era judío y cómo eso podría verse como un antisemitismo. Inmediatamente comenzaron a dar marcha atrás. Se reveló que el verdadero nombre de Magneto era Erik Lehnsherr y provenía de una familia romaní. Como Quicksilver y Scarlet Witch también eran romaníes y otro retcon unos años antes estableció que Magneto era su padre (la paternidad de Quicksilver y Scarlet Witch ha sido retconned varias veces, Magneto fue el segundo o tercer retcon y desde entonces ha sido retconned nuevamente), probablemente tenía sentido en ese momento establecer que Magneto tenía orígenes romaníes.

A finales de los 90, Marvel cambió de opinión nuevamente. En X-Men # 72, Joe Kelly escribió una historia en la que Sabra, un mutante y un agente del Mossad de Israel, descubrió que Magneto no era en realidad Romani y que su verdadero nombre no era Erik Lehnsherr. Toda la identidad e historia de Lehnsherr fue fabricada por un falsificador llamado Georg Odekirk. El propio Magneto confirmó esto porque en ese mismo problema, fue a Odekirk y lo mató por no cubrir mejor sus huellas y declaró que la identidad de Lehnsherr nunca fue real.

Luego, hace unos años, Marvel publicó X-Men: Magneto Testament . Esta fue una serie limitada que se centró en los primeros años de Magneto en Alemania y aquí, se estableció firmemente que su nombre era Max Eisenhardt y que provenía de una familia judía alemana.

En los cómics, Magneto siendo judío es un retcon que sucedió después de la primera película de X-Men (no, gracias Bryan Singer, ¡lee los malditos cómics por una vez!).
Magneto fue un sobreviviente del holocausto nazi, pero fue enviado al campamento porque era gitano (a los nazis no les gustaban demasiado).
Recuerdo una brillante discusión al respecto entre Shadowcat (que es judío y tenía abuelos en campos nazis) y Magneto sobre este tema.
Después de la película, Magneto fue reconquistado como un judío que escapó y se refugió con los gitanos, también conocidos como la madre de Wanda y Pietro.

No es gran cosa, solo una molestia que Bryan Singer ni siquiera puede abrir un libro antes de hacer sus películas.