La respuesta corta es que no hay una respuesta corta. La respuesta larga está abajo.
Spoilers de la serie NGE, manga y las reconstrucciones (a 3.0):
Esta es solo mi interpretación de los diversos finales de la serie, los libros y lo que sabemos de las reconstrucciones hasta ahora. Quería comenzar con esto para dar contexto a mi opinión sobre si la instrumentalidad es buena o mala.
Tanto aceptar como rechazar la instrumentalidad tiene enormes positivos y negativos. Dependerá de la persona que prefieran. La idea de que un niño de 14 años con daños graves toma esta decisión en nombre de todos (al menos en algunas versiones) es bastante aterradora.
También quería ver los resultados que hemos visto hasta ahora. Soy de la opinión que hemos visto hasta ahora 4 (ish) versiones separadas de Instrumentalidad, y quería verlas una por una.
El final de la serie es bastante opaco, pero creo que Shinji aceptó la instrumentalidad. Por un lado, vemos personas en forma corporal, pero mira de cerca:

Hay personas aplaudiendo allí que fueron confirmadas como muertas en este punto (incluso ignorando totalmente EoE). Eso tampoco es tierra. Creo que se supone que es una representación más fácil de entender de lo que realmente sucedió. Después de todo, es difícil mostrar cómo se sentirá la conciencia pura en un mar de LCL.
¿Qué muestra esto? Shinji es aceptado. Shinji finalmente está conectado con los demás. No más dolor, no más malos sentimientos.
EoE y el manga claramente Shinji rechaza la instrumentalidad. En ambos, señala que no hay tristeza, pero tampoco felicidad verdadera. Él ve el valor de tratar de conectarse con los demás, y siente que eso es importante a pesar de todo lo malo que viene con la separación de nuestros corazones. IIRC solo está implícito en EoE, pero se dice explícitamente en el manga, que las personas pueden regresar y desean volver. Eso es un poco agridulce cuando lo piensas. Habrá personas que tengan la voluntad de regresar, pero sus seres queridos podrían no tomar la misma decisión. Eso va a ser extraordinariamente doloroso (también hace que el proyecto de limpieza del océano en las Reconstrucciones sea horriblemente positivo). Por cierto, no está claro qué sucede si no tienes la voluntad de volver. Tal vez te quedes en el mar de LCL o tal vez te desvanezcas.
El manga y EoE difieren, aunque en lo que sucede después de que se rechaza la instrumentalidad. El manga es el final feliz. Las estaciones han vuelto a la normalidad, ese período de la vida de todos se ha borrado, la única evidencia que vemos de que algo de esto sucedió son los restos de las Evas producidas en masa.

Entonces, básicamente la vida tal como la conocemos hoy. Tal vez los continentes son un poco diferentes, pero más o menos lo mismo. La otra cosa importante que vemos es cómo Shinji y Asuka están en este mundo posterior al Tercer Impacto. Sin el trauma que experimentaron en su primera infancia, son adolescentes más o menos normales. Asuka todavía es un poco perra, Shinji todavía está un poco inseguro, pero durante el breve tiempo que los vemos, parecen felices, no más jodidos que cualquier otra persona de su edad, y vemos que Shinji realmente tiene conexiones reales con personas en su vida. Entonces, el rechazo de la instrumentalidad es una buena decisión aquí.
Esto está en contraste con EoE, donde vemos que el mundo está en mal estado.

¿Merece la pena volver a eso? Desde el Segundo Impacto hasta los ataques del Ángel hasta el Tercer Impacto, el planeta está bastante desordenado. Shinji todavía tiene su pasado, y ahora hay aún más pérdidas por encima. Es posible que pronto deba comenzar a preocuparse por los conceptos básicos de la supervivencia. No sabemos exactamente qué tan malo es el mundo (sospecho que Rebuild 1.11 nos muestra el mundo post EoE, pero eso es pura especulación en este momento), pero está claro que simplemente sobrevivir será difícil. Por otro lado, las personas forman vínculos estrechos cuando se enfrentan a dificultades extremas, y eso es lo que Shinji necesita más que nada. Entonces, tal vez no sea tan malo (suponiendo que los eventos en Reconstruir no ocurrieron en esta línea de tiempo, por supuesto).
Creo que las reconstrucciones nos muestran un tercer impacto en el que algo salió terriblemente mal con el proceso. Hasta que salga la cuarta película, dudo en especular demasiado, pero creo que ese es el muy mal resultado de Third Impact. Pero, creo que es justo decir que la película muestra que la Instrumentalidad necesita suceder o no suceder, que las medias medidas siempre conducirán a resultados realmente malos.
¿Esto hace que la instrumentalidad sea buena o mala?
Por un lado, el final del sufrimiento sería asombroso. No todos tienen una buena vida. De hecho, algunas personas tienen vidas absolutamente horribles. Por otro lado, la instrumentalidad elimina partes fundamentales de la experiencia humana para siempre. Estoy de acuerdo con Shinji en que no es un mundo feliz, pero creo que es un mundo en paz. Veo el atractivo de ese tipo de mundo, pero ese mundo tiene el costo de eliminar fundamentalmente lo que significa ser humano.
Este es el enigma fundamental con la instrumentalidad. La respuesta correcta depende del individuo, pero nadie puede tomar una decisión informada. En EoE cuando Rei comienza a convertir a todos en LCL, vemos una gama tan amplia de reacciones. Todo, desde la alegría hasta el terror absoluto. Pero se vuelve aún más complicado que eso. Nadie sabe realmente cómo se sentirá estar en ese mar de LCL. Shinji pensó que quería eso, pero luego se dio cuenta de que no lo hizo una vez que estuvo allí. ¿Cómo se sintió Kiel en el mar de LCL? ¿Estaba contento con su elección? Para hacerlo aún más complejo, digamos que tiene la opción de regresar. ¿Serás feliz con esa decisión?
No hay una respuesta única que sea adecuada para todos los humanos en el planeta, y puede que ni siquiera haya una respuesta correcta para cada individuo, siempre que puedan elegir por sí mismos.