El Shadow Clone Jutsu no es una técnica prohibida. Lo que creo que quisiste decir fue el clon de varias sombras Jutsu (Tajū Kage Bunshin no Jutsu).
La razón por la cual es un jutsu prohibido se debe al hecho de que se necesitan grandes cantidades de chakra para realizar este jutsu. La razón es esta:
El jutsu de clones de sombras múltiples es básicamente una versión ampliada del jutsu de clones de sombras regulares. Su propósito es crear cientos de clones en lugar de los pocos clones que proporciona el shadow clone jutsu.
Todos estos cientos de clones reciben una cantidad igual de chakra. Esto significa que si el lanzador del jutsu no tiene una cantidad suficiente de chakra, morirá debido a la privación de chakra.
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¡Espero que esto ayude!
Editar: 8/2/16
Olvidé que preguntaste por qué se usó.
Se utiliza principalmente (al menos por Naruto) para crear múltiples clones de sí mismo con el fin de actuar como una distracción o para crear múltiples jutsus para ser utilizados a la vez.
La razón por la que puede usarlo tan fácilmente en comparación con otros se debe a sus grandes piscinas de chakra.