Black Zetsu fue la manifestación física de la voluntad de la princesa Kaguya Ōtsutsuki. Secretamente instigó muchos de los eventos que dieron forma al mundo shinobi para asegurar el renacimiento de Kaguya. Para promover sus planes, se asoció con White Zetsu para convertirse en la mitad del miembro de Akatsuki conocido simplemente como Zetsu.
Black Zetsu fue creado por Kaguya Ōtsutsuki poco antes de que sus hijos gemelos, Hagoromo y Hamura la sellaran como Ten-Tails. Cuando Hagoromo más tarde nombró a su hijo menor, Asura, como el nuevo líder de ninshū, Black Zetsu tentó a su hijo mayor, Indra, a ir a la guerra con su hermano menor. Decidió que los descendientes de Indra: el Uchiha, sería el elenco principal de la historia shinobi que estaba creando y también modificó la tableta de Hagoromo para reclamar eso, entre otras cosas; El Tsukuyomi Infinito sería la salvación del Uchiha. A lo largo de los siglos, manipuló las reencarnaciones de los dos hermanos en un intento de despertar al Rinnegan, y también registró muchos eventos para Kaguya, incluida la última pelea de Madara Uchiha y Hashirama Senju en el Valle del Fin.
Cuando Madara aparentemente creó White Zetsu y sus hermanos clones, en realidad fue Black Zetsu sacando a los humanos transformados del Infinito Tsukuyomi de Kaguya de la Estatua Demoníaca del Camino Exterior. Cuando Madara estaba al borde de la muerte, creía que había creado Black Zetsu al imbuir su voluntad en la mitad de White Zetsu, y que el Zetsu completo era parcialmente su clon. Más tarde, Zetsu acompañó a Obito Uchiha a Amegakure para localizar a Nagato, a quien sin saberlo le habían dado Rinnegan de Madara cuando era niño, y observó cómo Obito se presentaba como Madara Uchiha.
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