Spider-Man juega un papel importante en la historia de la Guerra Civil. Originalmente se pone del lado de Iron Man. Iron Man creó el traje Iron Spider para Spider-Man y para la mayoría de Civil War, Spider-Man usa el traje. Sin embargo, después de la muerte de Goliat, Spider-Man cuestiona la ética de Iron Man y si el registro sobrehumano es lo correcto; le dice a Iron Man: “Pensé que sabías lo que estabas haciendo”. Esto lleva a pelear entre Iron Man y Spider-Man. Spider-Man logra escapar y se une al lado del Capitán América. También abandona la armadura de Iron Spider y vuelve a su traje normal.
Cuando Spider-Man estuvo del lado de Iron Man, reveló su identidad al público para hacer una declaración de que los superhéroes deben rendir cuentas, al igual que la policía. Conduce al momento más emblemático de Civil War y a un momento innovador en la vida de Spider-Man.