Esta es una pregunta amplia, pero responderé lo mejor que pueda:
Existe el tipo “tradicional” donde muestra solo una página a la vez, y hace clic en los botones “siguiente” o hace clic en la página para ir a la página siguiente. Estas páginas pueden contener gifs a veces. Este formato permite que cada página varíe de tamaño, si lo desea.
Existe el tipo de desplazamiento continuo donde, en lugar de una página a la vez, muestra un capítulo a la vez y se desplaza hacia abajo para leerlo. Este formato está hecho para que lo disfrutes en teléfonos y tabletas con pantalla táctil donde solo deslizas hacia arriba para leer, y los paneles son más grandes para acomodar pantallas más pequeñas. Hasta ahora solo lo he visto en los webcomics coreanos (es realmente bueno para escenas de acción y otros efectos; lo recomiendo).
Existe el tipo interactivo donde puede pasar de ser un webcomic a un juego, a un video, etc. Casi todos los creadores ven cuántas cosas de programación pueden aprovechar. No sé tanto sobre cómics interactivos porque no me gusta la idea de la participación del espectador, pero escuché que Homestuck es interactivo, si quieres ver un ejemplo.
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Hay más cosas que se pueden hacer; Scott McCloud tiene varias sugerencias de las que da ejemplos en su sitio web. Uno de ellos era un webcomic del tipo “elige tu propia aventura”, que nunca he visto intentado en ningún otro lugar además de su sitio, probablemente debido a todo el trabajo adicional que necesitarías hacer para una historia completa. Sus formatos pueden ser realmente abstractos.
Editar: Encontré otro formato que se parece a un guión gráfico, donde solo hay una imagen por página (no sé si llamarlo “panel” es apropiado si no hay otros paneles que lo rodeen). El ejemplo que encontré es el cómic Ava’s Demon .