Los ojos de Shisui eran importantes porque tenían el poder de lanzar un genjutsu fuerte (pero no infalible). Llegaron al punto en que algunos alababan demasiado el poder, pero de cualquier manera, se volvieron muy buscados y una técnica clave en la Guerra.
El genjutsu se llama Kotoamatsukami . Normalmente, solo se podía usar una vez cada diez años, aunque Danzo descubrió que el tiempo se podía reducir drásticamente a un día con el Primer Hokage, el ADN de Hashirama Senju. Lo que hace que el genjutsu sea tan distintivo es que es muy sutil y muy potente. Es un genjutsu que controla la mente y otorga un control poderoso sobre un objetivo al usuario, pero como hace que el objetivo piense que está haciendo cosas por su propia voluntad, no se da cuenta de que está siendo manipulado.
Es por esta razón que Danzo lo buscó en primer lugar. Pero su uso demuestra que otros pueden ver a través de la técnica:
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Danzo robó un ojo, pero Shisui mismo le dio el otro a Itachi:
Itachi se mantuvo en reserva ya que no pudo usarlo en beneficio del clan. Sin embargo, cuando Sasuke se volvió pícaro, había anticipado lo que podría suceder y originalmente tenía la intención de usarlo para detener su insurrección:
Al final, sin embargo, lo usó para abandonar el control de Kabuto sobre él:
Este fue un momento crucial que solo pudo suceder gracias a Kotoamatsukami. Con Itachi libre, podría luchar y derrotar a Kabuto (terminando así con el ejército masivo Edo Tensei) e influir en Sasuke para que proteja a Konoha.