Hay varias razones por las que Kakashi no puede usar Kamui tan efectivamente como Obito. Lo primero y más importante es que Kakashi no es un Uchiha. Su cuerpo no está genéticamente predispuesto a manejar el Sharingan, por lo que mantenerlo activo consume mucha más resistencia de lo que lo haría un usuario de Sharingan natural. El Mangekyo Sharingan es mucho más exigente de usar, y nada de esto se ve ayudado por el hecho de que los niveles de resistencia de Kakashi son simplemente promedio.
El segundo factor principal es que, a diferencia de Obito, Kakashi no tiene las células de Hashirama injertadas en su cuerpo. Si bien nunca se explica, la teoría más frecuente de por qué la vista de Obito no parece disminuir con su uso liberal de Kamui es que la tasa de regeneración francamente loca de Hashirama contrarresta el daño que el Mangekyo hace a su vista. Entre estos dos factores, Kakashi no puede confiar en Kamui como Obito, y tampoco sería tan practicado con Kamui como Obito.
Finalmente, Kakashi y Obito poseen dos cepas diferentes de Kamui. Lo que hace que Obito sea un oponente tan peligroso es que con su Kamui de corto alcance, al deformar partes seleccionadas de su cuerpo a la dimensión de Kamui, puede volverse efectivamente intangible, algo que Kamui de largo alcance de Kakashi no puede hacer.