Black Zetsu fue creado por Kaguya Ōtsutsuka poco antes de que sus hijos gemelos, Hagoromo y Hamura la sellaran como Ten-Tails.
Cuando Madara aparentemente creó White Zetsu y sus hermanos clones, en realidad fue Black Zetsu sacando a los humanos transformados del Infinito Tsukuyomi de Kaguya de la Estatua Demoníaca del Camino Exterior. Cuando Madara estaba al borde de la muerte, creía que había creado Black Zetsu al imbuir su voluntad en la mitad de White Zetsu, y que el Zetsu completo era parcialmente su clon. Más tarde, Zetsu acompañó a Obito Uchiha a Amegakure para localizar a Nagato, a quien sin saberlo le habían dado Rinnegan de Madara cuando era niño, y observó cómo Obito se presentaba como Madara Uchiha.
Black Zetsu no es lo mismo que White zetsu y tobi no tiene el poder de crear clones. Porque no tiene ningún control sobre él. El zetsu negro no es un humano adecuado, es solo el poder de voluntad de kaguya. Hacer clones de zetsu negro es otro nivel para tobi.
Zetsu negro