No hay una parte exacta en el manga donde se discuta este asunto, pero intentaré llegar a una teoría.
Entonces, como ya sabemos, la razón por la cual los pueblos eran algo estables es que cada pueblo tenía un bijuu. Sin embargo, algunos bijuus fueron más poderosos que otros, lo que llevó a algunas aldeas a temer a otras aldeas. Puede que no estés de acuerdo conmigo, pero creo que es bueno que algunas aldeas tengan miedo de atacar otros territorios, de lo contrario, si todos tuvieran un bijuu con la misma cantidad de chakra, simplemente habría llevado a una destrucción masiva sin uno realmente es un ganador. El mundo ninja sería un mundo triste y devastado. Además, ese es el orden de vida, no todos podemos estar al mismo nivel. Algunos de nosotros siempre seremos más fuertes que los demás, y esto también se aplica al mundo del anime.
Esta es mi teoría, pero en serio no sé por qué Bijuus no tenía la misma cantidad de chakra. Supongo que solo Kishimoto y su equipo lo saben.