¿Es posible tener un anime sobrevalorado sin un protagonista sobrevalorado?

Si, es muy posible.

Neon Genesis Evangelion. Ahora dejame decirte esto. Primero, antes de continuar. Sobrevalorado no significa que sea malo, sino que recibe más elogios de los debidos. Mientras, no tan sobrevalorado como otros animes por ahí. Su base de fanáticos hace que parezca la máxima perfección del anime y simplemente lo elogia continuamente, o al menos a los fanáticos que he conocido, pero Shinji Ikari, el personaje principal y protagonista, no está sobrevalorado y recibe mucha mierda, de los que entran y salen de la base de admiradores, y los que lo defienden no lo elogian en exceso ni lo hacen parecer que no sea el personaje que debe ser.

En cuanto a lo contrario, no puedo encontrar un buen ejemplo, pero estoy seguro de que hay uno.

Entonces para responder a tu pregunta. Sí, es posible, pero es más como que un programa sobrevalorado tendría un protagonista sobrevalorado para que coincida con él.