HYDRA tiene una larga historia como entidad extragubernamental, por lo que no sorprende que todavía haya algunos activos durante Ant-Man. Todavía estaban activos durante ese tiempo en Agentes de SHIELD, también. La naturaleza de HYDRA en el universo cinematográfico de Marvel es bastante diferente de HYDRA en los cómics y sus antecedentes están muy elaborados en el programa de televisión Agents of SHIELD. Si bien se supone que esto es un canon con las películas, parece ser solo un canon unidireccional ya que el programa de televisión reacciona a lo que sucede en las películas, pero las películas solo pueden hacer una ligera referencia a algo en los programas.
Dicho esto, en este canon, HYDRA es anterior a Alemania, Rusia o los Estados Unidos por varios miles de años y está vinculado a la creación de los Inhumanos por los Kree (la raza de Ronan el Acusador de Guardianes de la Galaxia). Alveus, más tarde conocido como Hive, fue uno de los primeros Inhumanos creados que tenía la capacidad de influir en la voluntad de otros Inhumanos y literalmente disolver a los Humanos para reponer su propia carne. Después de que los Kree fueron desterrados de la Tierra por las fuerzas dirigidas en parte por Hive, los otros Inhumanos usaron un dispositivo Kree para enviar a Hive a otro planeta por temor a su poder.
Los seguidores de Hive estaban decididos a traerlo de vuelta usando el mismo dispositivo con el que fue enviado, para que él tomara el lugar que le corresponde como gobernante de la Tierra. Formaron HYDRA y adoptaron su verdadero rostro como su símbolo. A lo largo de los siglos siguientes, varios grupos se separaron persiguiendo su propio objetivo con diferentes cantidades de vigor, pero sus objetivos centrales seguían siendo la mejora de la Humanidad (a través de su conocimiento esotérico de los Inhumanos y el uso de tecnología alienígena), el regreso de Hive y medida, control del mundo.
La primera forma moderna de HYDRA que nos presentan es la de Johan Schmitt (también conocido como el Cráneo Rojo) que alió su secta de HYDRA con los nazis. Sin embargo, su verdadera obsesión no fue el regreso de Hive, sino la recuperación del conocimiento antiguo y el avance de la humanidad. Lo que no pudo hacer con los Terrigen como lo hicieron los Inhumanos, en cambio, se acercó al Suero del Súper Soldado de Erskine.
Después de la derrota de Schmidtt por Steve Rogers (Capitán América), HYDRA pasó a la clandestinidad y se infiltró en los muchos, muchos gobiernos y organizaciones de inteligencia que surgieron durante el siglo XX. Algunos de estos estuvieron presentes en SHIELD, en Rusia, y más. Y como se dijo antes, sus objetivos variaban de secta a secta.
Algunos, como HYDRA Heads como Gideon Malik, seguían celosamente dedicados a devolver a Hive a la Tierra. A lo largo de los siglos, habían estado enviando personas a través del dispositivo Kree a Hive para sostenerlo. En los tiempos modernos, influenciaron a la NASA para comenzar a enviar astronautas a través del dispositivo, un movimiento que finalmente lo puso en posesión de SHIELD.
Otros como Werner Reinhardt (más tarde conocido como Daniel Whitehall debido a su longevidad otorgada al incorporar la fisiología inhumana a la suya) y Wolfgang von Strucker se dedicaron a aprovechar la tecnología alienígena y el avance humano. Strucker lo hizo por medio de la Gema Mental en el Cetro de Loki, mientras que Reinhardt estaba más interesado en los Inhumanos.
Mientras tanto, otros como Alexander Pierce estaban mucho más interesados en el camino más práctico hacia el poder mundial. Utilizando recursos como Arnim Zola (la mano derecha de Schimdtt), Pierce dirigió una campaña casi exitosa para controlar el mundo usando el miedo a los Helicarriers de Project Insight. También fue derrotado por Steve Rogers y Nick Fury en Captain America: The Winter Soldier.
Sin embargo, durante los eventos de Captain America: Civil War vimos que había varios soldados de invierno alojados en Rusia. Sin duda, era una instalación abandonada de HYDRA, pero probablemente una que estaba alineada con el gobierno ruso, ya que no tenían reparos en enfrentar a otras naciones entre sí. Arnim Zola incluso afirmó que HYDRA fue responsable de muchas de las crisis internacionales del siglo XX.
En cuanto a los otros jefes y sectas de HYDRA, Strucker y Reinhardt declararon que habían filtrado información sobre su paradero a SHIELD y los Vengadores para mantenerse ocultos y poder continuar sus experimentos. Sin embargo, estos también fueron descubiertos por SHIELD y los Vengadores, lo que resultó en los resultados de Avengers: Age of Ultron y Agents of Shield Season 2. En cuanto a la razón por la que estuvieron en Sokovia durante Age of Ultron, no es que fuera de EE. UU. Aliado ruso (Sokovia era una antigua nación soviética independiente), pero HYDRA de Strucker simplemente podía actuar libremente allí.
Durante la Temporada 3 de Agentes de SHIELD, HYDRA de Gideon Malik sale a la superficie y regresa con éxito Hive a la Tierra. Gideon Malik se deshizo de Hive después de darse cuenta de sus verdaderas intenciones y abandona las ubicaciones de muchas (si no todas) las bases restantes de HYDRA, que son retiradas por el ejército de los EE. UU. La colmena finalmente es derrotada después de intentar convertir a todos los humanos en inhumanos.
Helmut Zemo, el adversario del Capitán América: Civil War no estaba afiliado a HYDRA, pero estaba usando la inteligencia que obtuvo como agente de inteligencia militar sokoviano. Gran parte de esta información tiene que ver con las operaciones anteriores de HYDRA y la utilizó para su ventaja, particularmente al tratar con Steve Rogers y Bucky Barnes.
Tal como está entrando en Agents of SHIELD Season 4 y Luke Cage Season 1, parece que ya no hay sectas o cabezas activas de HYDRA. La última señal que vimos en las películas de un agente activo de HYDRA fue en Ant-Man, cuando están viendo las partículas Pym de Darren Cross. Hay otras sociedades y organizaciones activas a las que nos han presentado que parecen tener objetivos similares, a saber, Leviathan (Peggy Carter), The Hand (Daredevil) e IGH (Jessica Jones).
El barón Strucker y su temida Garra de Satanás, una extremidad cibernética y un sistema de armas que fue la herramienta distintiva del barón durante su reinado sobre Hydra. 
Iron Man se enfrenta a Madame Hydra: