Es probable que no represente un riesgo de daño para su computadora, ya que las PC modernas, especialmente las diseñadas para juegos, son órdenes de magnitud más potentes y robustas que una PlayStation 2. Sin embargo, entiendo que emular los sistemas de la PS2 es complicado y negocios no siempre confiables. Hay muchos juegos donde incluso los mejores emuladores aún no funcionan bien en las computadoras modernas.
La mayoría de las veces, probablemente estará bien, pero a veces conduce a un bloqueo, a veces corrompe un archivo guardado. Ese es el costo de hacer negocios cuando trabajas con software de terceros hecho por voluntarios.
No soy un experto técnico, pero entiendo que tiene algo que ver con la forma en que los procesadores de la PS2 se configuraron de manera diferente a cómo funciona un equipo equivalente en una PC. No se me ocurre ninguna forma de dañar su sistema, además de usar discos lo suficientemente polvorientos como para dañar la unidad que los lee.