No estoy seguro de que realmente necesites saber que tu protagonista es un antihéroe. Eso se determinará cuando la historia esté terminada y solo será de interés para un crítico académico.
En cuanto a que tu protagonista sea el villano, esa pregunta es más problemática. En primer lugar, tu protagonista no puede ser el antagonista. El protagonista puede ser villano, pero no el villano de la historia, per se. Esto debería ser evidente. Quizás mezclar términos hace que parezca más confuso. Por lo general, héroe = protagonista = personaje principal y villano = antagonista. En el mundo del villano / antagonista, él / ella es el héroe, pero eso no significa que sean el héroe de la historia que estás contando. Son el antagonista porque se oponen al protagonista.
Prefiero apegarme a los términos protagonista y antagonista, porque son moralmente neutrales y me permiten ver los matices de mis personajes, de modo que ninguno sea completamente blanco o negro.