Tl; dr: depende en gran medida de si estás ganando dinero o no.
¿Cuál es tu motivación para hacer el juego? ¿Lo estás haciendo para un proyecto escolar? Para lanzamiento comercial / ventas? ¿Para practicar el desarrollo del juego o para el disfrute personal? En general, si puede estar seguro de que su trabajo no será lo suficientemente grande como para llamar la atención del propietario de los derechos de autor, debe poder hacer lo que quiera. Así que a nadie le importará si haces un clon de Mario en tu sótano. Solo asegúrate de no intentar venderlo.
Dicho esto, si quieres hacer un juego hecho por fanáticos basado en otro juego, lo más probable es que ese juego tenga una buena reputación. Un representante que vale la pena proteger. Una vez que saben de la existencia de tu juego, tienen buenas razones para asegurarse de que no hagas ese juego, ya que podría muy bien hacer cosas en la IP del juego que se salgan de su control, o que potencialmente lo hagan caer al suelo.
Si se va a producir un desarrollo comercial serio hecho por fanáticos, generalmente se presentará en forma de comisión o colaboración. No solo necesita permiso, sino también respaldo.
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Por supuesto, existen algunas excepciones notables. Uno de ellos es la recreación de Half-Life hecha por un fanático de Source Engine. Se vende en Steam, y la última vez que lo revisé, no están en la mira de Valve.
Una gran excepción son las comunidades de modding para varios juegos también. En general, se las arreglan sin problemas porque generalmente son mods gratuitos que a menudo agregan contenido o solucionan problemas en sus respectivos juegos.